Akademiens organisation utgörs av
- Presidiet,
- Ämbetsmännen,
- Utskotten, samt
- Avdelningarna.
Till stöd för organisationen finns ett kansli.
Presidiet
Akademien leds av ett presidium som består av styresmannen, andre styresmannen, ständige sekreteraren, skattmästaren och avdelningarnas ordförande. Presidiet sammanträder en gång i månaden under vår och höst.
Ämbetsmännen
Akademiens ämbetsmän är styresmannen, andre styresmannen, ständige sekreteraren, andre sekreteraren, skattmästaren och redaktören. De ska vara ledamöter av akademien.
Styresmannen väljs av akademien för en tid om två år. Återval kan ske för högst två år.
Andre styresmannen och skattmästaren väljs av akademien för en tid om två år. Återval kan ske.
Ständige sekreteraren väljs av akademien för obestämd tid. Avtal upprättas av presidiet.
Andre sekreteraren och redaktören utses av presidiet som upprättar avtal.
Utskotten
Inom akademien finns ett antal utskott som bereder olika frågor, nämligen Planeringsutskottet, Granskningsutskottet, Redaktionsutskottet och Finansutskottet.
Avdelningarna
Akademien är indelad i sex avdelningar, var och en representerande olika kompetenser inom försvaret. De är
- Avdelning I, Lantkrigsvetenskap
- Avdelning II, Sjökrigsvetenskap
- Avdelning III, Luftkrigsvetenskap
- Avdelning IV, Militärteknisk vetenskap
- Avdelning V, Annan vetenskap av betydelse för rikets säkerhet och försvar
- Avdelning VI, Säkerhetspolitisk vetenskap
Varje avdelning har en egen styrelse och ansvarar för egna sammankomster, symposier, utflykter m m.
